Los años posteriores fueron de frustraciones a nivel local e internacional, algunas de las alegrías fueron la victoria en el superclásico de la liga A/2006, camiseta españa la cual fue victoria millonaria por 3:1 con dos goles de Gonzalo Higuaín y uno camiseta de holanda mundial 2022 de Ernesto Farías. En los años posteriores la irregularidad fue constante -pese a contar en el plantel con jugadores históricos como Almeyda, Gallardo y Ortega-, pasaron técnicos con pasados exitosos en el club como Néstor Gorosito, camiseta seleccion japon quien fue despedido durante la liga A/2009.